該当特許をナナメ読みしてみた…これってスポンジ取り出して洗浄して再充填したのが問題なんじゃ？
もっというと「再充填」。

特許自体は、スポンジを２層にして下を浸透圧高く、上を浸透圧低くすることにより輸送時の液面を維持すること。
もう１つ、２つのスポンジの接触面を若干「圧縮」する詰め方をすることにより接触面で浸透圧をより高めていることが特徴。
（もし単に２つのスポンジを詰めて２つの間にスキマがあると、ここ経由でインクが漏れ、液面を維持する、という特許の機能そのものが成り立たない）
キヤノンは仕組みそのものだけでなく、この「詰め方」も製造方法特許にしている。

で、取り出して同じように再充填してしまうと、この「特許の本質」を「再生産」したことになるから
「特許侵害」という判断が出たんじゃないかな。もし請求項に「製造方法特許」がなかったら逆の判決が出たかも。
製造方法特許って可観測性がないんで（そんな風に詰めてない、といえばいいだけ）、直接それを元に訴えることは難しいんだけど、
このように本体特許と組み合わせた場合は推定有罪という扱いなのね。