ScanSnapのモノクロモードが2値モノクロなだけで
JPEGそのものには「グレースケール」という白黒256階調モードがある。

Acrobatも画像をただコンテナ化するだけなら画像形式はなんでもありだけど
Acrobatが標準で持っている圧縮形式は白黒だと2値モノクロのFAX用のもの。
ScanSnapのモノクロモードでは（圧縮はどこで行ってるのかわからないけど）
そのAcrobat標準のFAX用圧縮画像形式になっているようだ。

>なぜPDFなら

理由は富士通の中の人に訊かないとわからないけど
ScanSnapそのものがAcrobatをターゲットに仕様を合わせて開発されたからだと思う。