ScanSnapOrganizerのヘルプじゃなくて
ScanSnapManagerのヘルプを見てみてはどうだろう。

割り当てフォルダ云々はOrganizerの機能。

スキャン結果をOrganizerに渡さずにManagerのメニューにて
　　アプリ選択「アプリケーションを起動ません」
　　保存先→任意（ここでネットワークフォルダを指定）
で、できるはず。