俺はjpg取込でバッチ処理ツールで加工して保存、かな。

１．スーパーファイン／カラー／圧縮最低でスキャン
２−ａ．カラー：200dpi相当にリサイズ
２−ｂ．白黒：黄ばみ除去＆コントラストを上げて裏写り飛ばし＆グレスケ化＆200dpiにリサイズ
３．pdfにまとめてOCR

D&D一発で済む範囲でpdf直取込よりは（主に白黒ページが）
ずっと見やすくなるので手間の増えた分は妥協の範囲かな。

色つきの紙に印刷してあるものとかはカラーでスキャンしても
強制的に地の色が抜かれてしまうのはアレだね。
交通違反切符をスキャンしたら赤紙ならぬ白紙になってしまったｗ