皆さん、アドバイスどうもです。
あれから色々試してみたところ「斜行補正」オプションを切れば、
変なトリミングが発生しないことを確認しました。

しかし斜行補正なしは結構キツイですね。
今のところ斜行補正有りで一通りスキャンし、トリミングされているページを
まとめて斜行補正なしで再スキャン＞フォトショップで角度補正とやっています。

もうちょっと手順が詰められないか、現在検討中・・・