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用紙の反転前に若干の乾燥時間をとることもあり、
単純に所要時間を比較するなら、自動両面のほうが時間がかかります。

メリットは二点、
途中で用紙を差し替えないで済みますから、その間別のことに専念できます。
休憩前などに印刷すれば時間を有効に使えます。
また、用紙の二重送りでページがずれる心配がないのも有難いです。

時間以外の難点として、キヤノンは両面印刷時に顔料黒を使わないというのがあります。
乾燥の問題なのでしょうが、私にとってはこっちの方が問題ですね。
品位を保って自動両面を使いたいなら、レーザーかhpになります。