ScanSnap 使ってるけど、TWAIN 非対応で困ったことってほとんどないけどな。
吐き出すファイル形式を JPEG・PDF から選択出来れば十分じゃん？

使い方は人それぞれだけど、色々な TWAIN 対応アプリから使いたいってのは
ドキュメントスキャナにやらせることじゃない気がする。