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>同様の用途で使用されてる方、参考にどのように使用しているかor
あんたが何をしたいのかわからんのであまりフォローはできないが、現状では

・高解像度で保存するとPC上での閲覧など、取り回しが悪くなる
・低解像度だとOCRの性能が悪くなる＆プリントアウトすると低解像度がわかることもある

といったトレードオフがあるので、どういう用途のために保存したいのか
もう少し考えてみてはどうか。

まだそこまで考えてないけど紙を処分したい（HDDに落としたい）、ということなら
出来るだけ高解像度・カラーで保存しとけばつぶしは利くんじゃなかろうか。

>他のソフトを使うべきか、OCRすべきか、設定等々。

マンガをOCRする意味があるのかどうかわからんが、
OCRするといいことがあるかも、という程度なら400DPI以上＆カラーで取っておけばよいかもしれん。