>>140氏ではないですが、
リーダーがつくとかドライバ導入が一度で済むとか場所を取らないとかですかね。
逆にばらばらで買うのにも利点があったりしますよ。
片方だけの買い替えが出来る。たとえば故障にしろ新製品にしろですが、
持っていた同等の性能かそれ以上の物を求めると複合機はやはり割高になります。
場所も取るので、スキャナだけ生きてるからとかプリンタだけ生きてるからとかで買い換えした後に
使えるから残せるというものではないと思います。
片方だけであれば買い替えもしやすく、片方が気に入ればそれは故障するまでずっと使えるし不満があれば買い替えれる。
複合機は単体で動作し、スキャナやカードリーダーが付いていて機能的なお値段や場所的にお得です。
また単体はそれぞれを新機種登場やＴＰＯに合わせて揃えられるのが魅力だと思います。
場所が許すなら単体でも問題ないと思いますよ。

時代の波が今「家庭でコピーやデジカメプリントが出来る！」と謳う複合機に向いてるだけです。
全ての人が複合機がいいかと言うとやはりそうともいえない部分が多々ありますので、ご自身の環境に応じて商品を選ぶといいと思います。