その場合、「両面」という概念自体が不要と思われます。
手動でやるのであればそれは毎回「片面のみをスキャン」しているに過ぎないですからね。

> 両面でスキャンが早いこと。
あなたの手際の良さに依存する、ということで。

350dpiでいいのであれば今時のスキャナはどれも速いので
お店で一番安いのを買えばいいと思います。