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それはOCRソフトの性能依存です。
スキャナ付属のものはどれも廉価版と言っていいシロモノですので、
パッケージ版のOCRソフトを導入しましょう。
現在使用しているもののVerUpが出来るなら、安くつくかもしれません。

参考
OCRを使ってますか？
ttp://pc8.2ch.net/test/read.cgi/bsoft/1141402809/