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聞いてみたんだけど、chem draw は使っていたみたいですが
postscript 機能(eps出力?)はあまり使ってないみたいで良く分かりません。
TeX とかにそいつの eps を少し貼ってみました程度は大丈夫だったみたい。

あと Windows の普通の作業ではもちろん問題ないみたいですが(機種は1650)。