そりゃ、チューブがヘッドに直結してるわけじゃないからね。
その空気の入ったチューブの先はカートリッジにつながってるでしょ？
そこでインクと空気が分離される。

純正にせよ互換にせよカートリッジはもともと外の空気を吸うようにできてる。
カートリッジに空気を吸わせる代わりに外部タンクのインクを吸わせてるのが連続供給なので
多少、チューブ内に空気があっても問題ないわけだ。

キャノンの場合はカートリッジにスポンジが入ってるので
気泡の除去という点ではエプソンの連続体より有利。

ただあまり空気を吸いすぎるとカートリッジ内のインクが空になって
インク切れ状態になるので、カートリッジ内のインクの補給、
空気除去といった定期メンテが必要になる。