俺もこの前買ったPM-A900使ってるけど遅いとは思わん。
前使ってたMECの600Uと比べると段違い、あとUSBで差が出る
ちなみに参考で比較してみると、（PM-A900だけで）
B6判(コミックの表紙）で600dpiでPCに取り込むと、
USB1.1だと2分11秒　USB2.0だと53秒でした。（サイズはBMPで約40MB）
一応USB2.0で動作しているみたいです。
ちなみに、NECの600Uだと３分以上かかります。（USB1.1)