カラーネガフィルムスキャン時に
おかしなスキャンになるのには条件があることがわかりました。
（おかしな色調になる、確認したところ完全にネガな状態で読まれる訳ではない）

・通常プレビュー後、範囲指定なしにスキャンした場合
・範囲指定しても、周辺の白い部分を多く取っている場合。

このような状況で本スキャンすると正確にスキャンされないようです。

バグか仕様かはわかりませんが紛らわしいですな。

ご教示頂いた方ありがとうございました。