うちの会社は人が少ないのでサーバに共有フォルダ作ってそこに送って仕分けている。
複合機にHDD持ってないからオンメモリ処理しかしないけど。
あとはネットワークTWAINなら処理はＰＣ側だけどさすがに離れていると使いづらい。