そのうまくいかなかったPDF作成方法って何?
わりと古めのプリンタードライバー互換ソフトとか?

もとのデータは確定申告用アプリなのかな?
EXCELとかOOo Calcに流せるなら
そっち経由でDOCとかPDFで挑戦してみてよ。