ePwareはインデックス検索じゃないらしい。インデックスじゃないとかなり時間がかかる。
これに追加出費するくらいなら、Acrobatを7.0Proにアップグレードしたほうがよいかと。
少なくともPDF検索に関しては、Acrobatのインデックス検索が最も使い勝手がいい。
7.0からはPDFキャビネットで文書管理が行えるようだし。