インク切れる頻度が違うとすれば、一セットの値段できめるのはおかしいでしょ。
絶対に同じ頻度でインクが切れる、という根拠があっての判断ならおかしくないけどね。

そもそも全色同時にインクが切れるなら、独立インクの意味はない（ということは
セットで買うときもあるけどバラで買うときもあるはず、一回4000円とか6000円
のときもあるけどそれが嫌なら、1色を1000円程度で買えばいいのではとも思って
しまいます…）。