DocuWorksユーザの656です。私の場合は、

使用機種：DR-2080C
主なターゲット：技術書
解像度：カラー、グレーは300dpi　白黒は600dpi （600dpiは遅めだけど我慢）
色：白黒、256階調グレー、24bitカラー
保存形式：docuworks
取り込みソフト：docuworks
OCRソフト：docuworks

取り込み、閲覧、OCRまでこれ一本でできるDocuWorks、
とっても気に入ってます。機能制限なしの無料お試し版が
あるので、ぜひ使ってみてください。

汎用性は生の画像ファイルやPDFより落ちますけどね。私個人の
ニーズにはぴったり合ってます。最悪、何年か後に開発がストップ
しても、APIが公開されてるので一括画像ファイル変換などで
逃げられそうです。