その条件と予算なら、おれもフラットベッドと必要なら+ADFでもいいと思う。
1)でもいいし、GT-8700+ADFをオークションで買えば2万強だったりもするし。
あとは「PaperPort V3」だったか、そういう管理ソフトで、Jpegの95%ぐらいで
保管しておけば、かなり綺麗で便利に管理できますよ。