日本の場合はクラスタとか海外渡航から紐付けられるごく一部だけ検査してるので
追跡するクラスタの設定次第で結果が大きく変わるんだと思うよ
愛知とヨーロッパだけ突然変異したウイルスで東京は違うという仮説よりも
単純に測定方法を疑ったほうがいい