今回の問題点を整理

1.ポイントを使って商品の契約を申込
↓
2.商品の発送を完了した時点で契約が成立
↓
3.ポイントに不備があったため代金請求は認められるかどうか?

ビックカメラなどで、商品購入後のポイントを使って買い物をしたときに、
最初の商品を返品すると、ポイントが抹消され、結果的に、次に買った分のポイント相当額を
最初の商品を返金をする際に引かれることはあるが、今回の場合は、返品ではないので、
請求することは無理

仮に代金を請求をする場合には、
2.の部分の契約を一旦解除させる必要があり(再度契約を締結し直す)
商品を販売したお店が、顧客に代金の請求をするのが妥当な考え方

楽天側が、顧客から代金を請求することは法的根拠に乏しいと思う