さっきまで、掲示板がちゃんと表示されていたのに、アップロードをし直したら、表示されなく（４０４エラー）なってしまいました。

FFFTPを使っていて、ソースを大幅に変更したのでミラーリングアップロードをしました。
アップロード前にBBSのフォルダに関しては、一切いじってません。アップロード後は、パーミッションの変更もしました。
分かるかた教えて下さい。

CGIはapeboardで借りました。