テンプレートファイルとプログラムファイルが別のディレクトリに
ある場合、テンプレートファイルで相対パス指定をしてると
おかしなことになってしまいますが、皆さんはこのような場合
どのように対処してますか？

baseタグだとhttpから始まる絶対パスで指定しないといけないので、
サイトのURLが変わるとめんどくさいんですよね。
あと、baseタグってパス指定するすべてのタグに適用されてしまうので、
imgタグのみにしたい（aタグには適用させない）とかもできないですよね。