>たとえばデザイナーが修正個所まるっと消して、再作成しちゃったら…

WOFだと、どこに何があったはずだからエラーってのが出るよ。
DB連携箇所とかもぬかりなく。
みんな、けっこう原始的な方法使ってるんだな・・・・