コマンドラインからは動くCGI(HTMLを期待通り出力する)
が、サーバから動かない時って、どんな可能性があるでしょうか？
INTERNAL_SERVER_ERRORになってしまいます。
以下のことは確認しました。何か理由思いつかないでしょうか？

実行可能になっています。
そのディレクトリにwwwがファイルを作れるようになってます。
Apacheの設定でCGIを使えるようにしています。
#!/usr/local/bin/rubyを文頭に書いてます。
print "Content-type: text/html"はあります。