>フォルダごとの件については、実際にアップしたりするのが素人連中なので、
>UNIXのコマンド等を指導したところで面倒くさがられるだけに終わりそうです。

CGIとか利用させないなら、WinのFTPクライアントの知識だけで良いだろ。
FFFTPなら左がWindows、右がサーバ、このボタンでアップロード、このボタンで削除
って説明だけで良いじゃん。
Unixのコマンドなんかいらねぇよ。