.htaccess に include_dir "." とか記述されてて php.ini の設定を上書きしちゃってるとか．．．
問題のページと同じ場所で phpinfo() して include_dir に /usr/local/lib/php/20020429 が含まれているかどうか確認されてみてはいかがかと．
# 既に確認済みだったらすんまそん