>640 ありがとうございます。一度はあきらめていました。しかし。

$q = 'mysqldump --password=PASS -u USER DB > DB.sql';
system($q);
上記をPHPで実行してもバックアップが成功しませんでした。
まったく同じコマンド($q)をTELNETで実行すればうまくいくのですが…。