PDOのprepareでIN句が使えないっていう主張をIN句のプリペアドステートメントにarrayがバインド出来ないということだと解釈するなら, それは単なるDBALであるPDOの役目ではない。
PDOのプリペアドステートメントはデータベースのプリペアドステートメントに1対1で対応しているべきもので, IN句内のプレースホルダ数の異なるSQLは同一のプリペアドステートメントにならない以上はarrayのバインド可能なプリペアドステートメントはPDOとしてはあり得ない。

だからarrayをバインドしたいと主張するならそれはクエリビルダの役割であって, SQLを抽象化しないPDOが行えてはおかしいことだ。