コードを書く順序で質問です
データベースからデータを引っ張って来て、<li>要素に入れて表示したいとします。
この場合、どういう風に組み立てたら良いでしょうか
functionかclassを作ったほうが良いのでしょうか？

以下のようなコードがどこかに入ると思いますが、どこに入れるとよいのでしょう
$li = "";
foreach($result as $key){
$li .= '<li>'.$key.'</li>';
}

phpはhtmlの前にまとめるのは何となく分かりました。
<?php
$pdo = new PDO(...);
$st = $pdo->prepare(...);
$st->execute();
$result = $st->fetchall(); //$result に結果が入る
$st->closeCursor();
?>
<html><body>
<ul>
//
<li>データをここに表示させたい</li>
<li>データをここに表示させたい</li>
<li>データをここに表示させたい</li>
</ul>