PHPから少し脱線しますがお許し下さい
webアプリケーションを作る際ディレクトリは細かく分けたほうがいいのでしょうか？
例えばgithubを例に上げると、トップページはhttps://github.com/
設定ページはhttps://github.com/settings/profile　のような感じです。
また、これらのディレクトリ分けは実際にフォルダを作って分けているのでしょうか？
それともフレームワークを使ったらこういうことができるのでしょうか？