先輩方に教えを請いたく思い書き込みさせていただきます。

現在、Gemfileに使用gemをバージョン指定して
羅列しております。

これを将来的(仮に１０年後)に別サーバーで
同じgemらを使いたいときに
このGemfileを使い回し、
bundle installしたときに
特定のgemが使えなくなっている可能性はありますでしょうか？

bundle installを実行すると
おそらく、rubygem.orgにgemの存在を確認しにいって
存在していれば、そこからダウンロードする仕組みになっていますよね？

バージョンによっては将来、非公開になっている可能性かあるのかも？と感じましたので。。。

現在のRuby on Rails 3.2.12や
それに付随するgemらの相性がいいので
将来的にも使い回ししていきたいのですが
何かいい方法はありますか？

テンプレートとしてRailsのappフォルダごと取っておきたいです
もし、その中にgemも格納しておけるなら
それがベストですね。
vendor/pluginのフォルダに使用するgemを入れるとかなのでしょうか？