ごちゃごちゃになるのが嫌なら install --path vendor/bundle と
指定すればプロジェクトの vendor/bundle 以下に入るよ。
bundlerだけをシステム全体で使用可能にしておいて、他は全部
アプリごとの vendor/bundle に入れるというのも一方法ではある。