ちなみに今は↓してます

/system（非公開・システム用）
└/models
└/views
/webroot（公開用）
└/contact（お問い合わせフォームと仮定）
　└index.php

ルーティングしていないので、controllerを公開ディレクトリに配置してますが、
配置しないようにすると、systemの中に入れるわけで、
classのややこしい処理が入り、無駄な気がしています。