非常に恥ずかしい質問なんですが
application/inc/hoge.inc.phpがあって、各コントローラ.phpの中で
require_once "inc/hoge.inc.php";　としてそのファイルを読み込めてたんだけど
php.iniや.htaccessを見たらapplicationディレクトリがinclude_pathに指定されてませんでした
なんで読み込めてたんでしょうか？
zend自体がそういう仕様だったのかな