XREA CORESERVERでサイトを作成しています。

.htaccess内で

AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php

と記述しPHPをCGIモードで動かしていますが
この記述があると

php_value auto_prepend_file　がうまく効きません。

AddHandlerの記述をコメントアウトすると効きます。
CGIモードだと効かないのかと思い検索したのですが
それっぽい記述はありませんでした。

CGIモードで、php_value auto_prepend_fileを効かせる方法があればご教授ください。