相対パスで指定するなら、現在のカレントディレクトリがどこかを確認しれ。
URL上のパスではなく、OSの上でのパスな。
もしくは絶対パス使え。

ファイルの配置場所は、Web上からも見れていいものなら、Webルート配下でもなんでもOK。
見せたくないなら、それ以外の場所にするか、.htaccessなんかでそのディレクトリに制限かけとけ。
yiiならprotected/以下はアクセス制限かかるだろう。

一般的にどこにおくか、というよりは、そのファイルが何のファイルか、
どのような配置にあるのが意味が通じやすいか、とかそういうのを考えて配置すれば良いよ。
設定ならconfig/なりsettings/なりつくってその下にまとめたり、ログならlogs/にまとめる、とかそういう。
変数名どうするかとか、クラス名どうするかとか、パッケージどうわけるかとか、そういったのと同じ。

あと、パソコン初心者()じゃないんだから、「エラー」じゃなくて、そのエラーの内容からちった判断しれｗ