別ドメインを建てていて
/home/ユーザ名/www/example.com
が別ドメインのdocルートだっていう情報を提供せずにいたのが痛いわけだが、
それはともかく、
http://example.com/site/loginでのそのInternal Server Errorは、単純に
.htaccessの
Rewritebaseが
/example.com
になっているからに過ぎないと思うね。
Rewritebaseは/（URLパスルート）じゃなきゃいけないでしょ。そういう場合は。
まあスレ汚しにスレ違いのレスをするのもなんだけどさ。