http://www.yiiframework.com/forum/index.php?/topic/20320-working-with-a-checkbox-list/page__p__99443__hl__checkbox+multiple#entry99443
用途は違うけど、これがたぶん君が言っている自動化に近いと思う

// postアクションメソッド.
$model = new Post;
if(isset($_POST['Post'])){
 try {
  $transaction = Yii::app()->db->beginTransaction();
  $model->attributes=$_POST['Post'];
  foreach($_POST['Post']['tags'] as $tag) {
   $postTag = new PostTag();
   $postTag->id_post = $model->id;
   $postTag->id_tag = $tag;
  $postTag->save();
  }
  $model->save();
  $transaction->commit();
 } catch(Exception $e) {
  $transaction->rollBack();
 }
}

// view
echo CHtml::activeCheckBoxList($model, 'tags', CHtml::listData(
Tag::model()->findAll(), 'id', 'name'
));
※インデントは全角スペース、エラー処理はなし、実行してない

こんな感じ?
と、ここまで書いて、下のエクステンション見つけた
http://www.yiiframework.com/extension/esaverelatedbehavior/
俺もいろいろ勉強になった、ありがとう