昨日からYiiをはじめたばかりでドキュメントを読み飛ばしてるかもしれませんがphp.iniのパスというのは何かしないとだめですか？
たとえばframeworkとprotectedはドキュメントルートに置きたくないので
以下のようにパス修正・ファイルの移動してるんですがこの後にエラーがでます。
サーバを再起動すると直ったり直らなかったりします。
直らないときは１から同じものを作ったら直ります
エラーが出たら、エラーが出る直前でecho 1;exit;してブラウザで閲覧後にこのコードを消すと別のエラーが発生したりと原因も良く分からないです
/aaa/bbb/framework
/aaa/bbb/protected
/aaa/bbb/protected/config/main.php

■エントリスクリプト
require_once(dirname(__FILE__).'/../framework/yii.php');
$configFile = dirname(__FILE__).'/../protected/config/main.php';
Yii::createWebApplication($configFile)->run();

■config/main.php
<?php
return array(
'basePath' => '/aaa/bbb/protected',
);