コントローラって名称に毒され過ぎだよね。
極端な例だけど、以下のようにロジックがきっちり分別されていれば、
同クラスだろうが、同ファイルだろうがMVC実装は可能。

class Application
{
public function controller() {}
public function model() {}
public function view() {}
}