細かいけど訂正。こうだった
$this->_helper->layout->setLayout('mobile');

注入したい場合はどうやらこんな感じ。ブートストラップにて
protected function _initLayout()
{
$this->bootstrap('FrontController');
$f = $this->getResource('FrontController');

$l = Zend_Layout::startMvc();
$l->setLayoutPath(APPLICATION_PATH."/layouts/scripts");
　:
$l->setLayout("mobile");
　:
return $l;
}