＞ログインしているユーザによって、Wiki表記のパース(HTMLに変換すること？)を変えたいのですが

自作エクステンションをPage Rendering時のフック”OutputPageParserOutput”(http://www.mediawiki.org/wiki/Hook
)で実行されるようにしておき、
ログインユーザーごとに表示するか、表示させないかという処理をHTMLレベルで行うことで、目的が達成されました。

みなさん、ありがとあーした！