Linux では STDOUT に対してバイナリモード/アスキーモードの区別が無いらしいですが、
Win 鯖のことも考えるなら、全ての出力は binmode STDOUT とかしちゃっても構わないのでしょうか？

テキストの改行は \r\n でするように気をつけることも必要ですが・・・

あっ、ちなみに Perl 使ってます。