> FWのソフト
微妙に意味がわからないが、エスパーしてみると。
モジュールを共有しないで独立で作成するなら、
moduleディレクトリを独立で作成してエントリポイントで振り分けるといいかも。

モジュールを共有するなら、ドメインでルーティングするだけでOK
つ Zend_Controller_Router_Route_Hostname