var data2=<?=$data[2]?>;
var data4=<?=$data[4]?>;

//表したい場所の地図の表示
var map = new GMap2(document.getElementById("map"));
map.setCenter(new GLatLng(data2,data4), 16);
　　　　//○＝PHPのデータ $data[2]、△＝PHPのデータ $data[4] を出したい
//特定の箇所にピンを立てる
var marker = new GMarker(new GLatLng(data2,data4));
map.addOverlay(marker);

でOK