acl は、同一ユーザーテーブルの中での権限の割り当てではないでしょうか？
がんばって読んでみたんですが、そもそもユーザー認証を行なうモデルが異なる場合は
対応できないように思いました。

今回は、教師と生徒で登録されているテーブルが違うのでログインページも教師用と生徒用があります。

教師は siteA/login.php にて。生徒は siteB/login.php にて認証します。

で、教師でログインした場合は siteA 配下のみアクセス可能。生徒でログインした場合は siteB のみ
アクセス可能としたい。

かっこ悪いすが、サブドメインきって cake そのものを2通り用意したほうが簡単かもしれないと思ってしまいました。
何かよい方法があればいいな、と。