文字コードの変換について質問です。

今様々なWEBページからHTMLを取得して、それをShiftJISに変換しているのですが、
JcodeでもEncodeでも一部のページで文字化けが起こって困っています。
文字化けを極力起こしたくない場合、どのような変換方法がいいのでしょうか？